Объявление класса

Файл MyCtrl.h

является основным файлом заголовков для элемента управления MyCtrl, в нем объявляется класс CMyCtrlApp. Этот класс является потомком класса COleControlModule, а не класса CWinApp. Это справедливо обычно для всех элементов управления, построенных на основе MFC.

Класс же COleControlModule

библиотеки MFC в свою очередь просто является производным от класса CWinApp, в котором для удобства переопределены методы InitInstance

и ExitInstance.